Az OmegaT stabil alkalmazás. Ennek ellenére - mint minden program esetén - célszerű elővigyázatosnak lenni az adatok megőrzése érdekében.
Fordítás közben az OmegaT a folyamat mindenkori eredményét a projekt /omegat nevű alkönyvtárában lévő fordítási memóriában tárolja. Emellett az OmegaT a fordítási memóriáról biztonsági másolatot készít egy project_save.tmx.YEARMMDDHHNN.bak nevű állományban, ha a projektet megnyitja vagy újból betölti. A YEAR az évszám 4 számjegye, az MM a hónap, a DD a nap, a HH és az NN pedig a fordítási memória korábbi mentésének az órája és perce.
A katasztrófák elkerülése végett:
/omegat/project_save.tmx állományt egy biztonsági tárolóra, pl. CD-re vagy DVD-re./source állományain hajt végre módosításokat. Ha a forrásfájl a fordítás megkezdése után módosul, előfordulhat, hogy az OmegaT nem talál meg egy már lefordított szövegdarabot.